4月25日，德川义直在接到京都北部会战的结果后，就已经知道大局已定。
之后他连下密令，让此刻驻守在武藏国的自己的三千旗本压着两万男女和三千多名工匠在江户以北的上野沿海地带登船，并且直航北海道。
在5月29日，他接到手下的忍者密报，说是船队已经抵达北海道后，就马上叫来德川赖房一阵忽悠，然后自己在最后的一千旗本的护卫下，来到尾张的沿海港口登上飞剪船船队，直航北海道！
30日，感应到破军离自己越来越远的朱由栋心里明白了：这家伙果然是平成废宅，怕苦怕累怕死怕疼！完全没有当初暹罗那位穿越者的磊落，身为幕府将军，居然丢下自己的家臣和部队跑了！
也罢，跑了就跑了吧，也不知道你会去哪里。不过以目前日本的地理位置，想来你多半是要经过夏威夷去北美吧？那让你去那里给西班牙的双子添点恶心也好。
至于说破军的天赋，说真的，朱由栋是有点可惜，但也不是特别重视：接下来很长一段时间，他的主要工作就是在大明内部进行彻底的变法，并且有效整合整个东亚、东南亚数十个国家，近两亿人口的力量。破军的天赋，短时间内是真的用不上。
所以，在感应到德川义直逃跑后，朱由栋还是从京都发出命令，让李国助率领舰队沿着本州岛的东北一线进行追击：追到北海道就行了，追到最好，追不到也不所谓。
然后，6月3日，久久未能得到德川义直消息的德川赖宣开始率领新军后撤。这一撤，本来就人心浮动的新军彻底崩溃。明军趁此机会对其展开了追击，结果大量的新军伏地请降……
至此，德川家再也没有力量对明军进行对抗了，日本的战事，也迅速的进入了尾声。